Zarząd Izby jest organem zarządzającym i składa się z trzech członków z różnych sektorów biznesowych. Reprezentuje on interesy członków Polsko-Rumuńskiej Izby Handlowo-Przemysłowej. Członkowie Zarządu są wybierani podczas Walnego Zgromadzenia Spółek Członkowskich zgodnie ze statutem. Obecny Zarząd została wybrany na inauguracyjnym posiedzeniu firm członkowskich w dniu 9 czerwca 2016 r. Posiedzenia Zarządu odbywają się co miesiąc.
Ponadto zarząd jest wspomagany przez organ wykonawczy i przez członków różnych komisji.